かつて、加賀百万石藩祖前田利家公は、越前国府中(今の福井県越前市)に在城された折、
郊外高瀬村「宝円寺」の大透圭徐和尚に信頼厚く参禅帰依され、そこで侍人と禅僧との類い希な間柄が生まれたことは歴史上あまりに知名な事実である。
後、天正9年(1581年)、利家公が能登国所口(今の石川県七尾市)に移られた際、同和尚を越前から招き入れ、一寺を創建されるがこれを「宝円寺」と名付けられた。
尚、同11年(1583年)、利家公が金沢城主となられるに及び、再び大透和尚を金沢へ招き、「護国山宝円寺」を建立し開祖とされた。
このことにより、能登国所口の宝円寺はその後、長齢寺と改名されるに至った。
上が当寺の創始であり、開山和尚がいかに前田利家公の信任深き人物であったかを窺い知ることができよう。
その後、「宝円寺」は藩公から毎年二百二十余石の供養米を寄進されるまでとなり、更には前田藩累代の菩提寺となり、曹洞宗全寺院の触頭とせられた次第である。
当初の寺地は、今の兼六園東隅であったが、元和6年(1620年)、現在地11,600坪(約3,515㎡)の替地を賜り移転し、華麗なる伽藍建ち並ぶその様は誠に人の目を驚かせた。
寛文9年(1669年)、五代藩主前田綱紀公によって本堂・客殿・庫裏・山門の改築がせられたが、その際の伽藍は「北陸の日光東照宮」と称されるほどの絢爛豪華なものであった。
加え、その際に馬坂口に改めて表門としての山門が造営され、それまでの表門は裏門とされたが、宝暦9年(1759年)の大火で類焼し、同12年復興した。
尚、明治元年(1868年)2月28日、不幸にも寺内からの失火にて再び全伽藍を失い、今の本堂と庫裏を造営し現在に至る次第である。
現況、平成24年8月13日付にて、宝円寺山門及び築地塀一棟、宝円寺庫裡一棟、宝円寺本堂一棟が、国の登録有形文化財に指定されている。